O Sinal é uma entrada de valor pago para o fornecedor. Assim separo uma parte do valor do meu contrato para essa obra e pago para o fornecedor, através do título de Sinal gerado ao salvar a aba Sinal no cadastro do contrato.

Esse título deve ser baixado em Financeiro > Contas a Pagar > Baixas > Inclusão com o tipo da baixa Pagamento. 

Mas por que não pode ser Adiantamento? 
Porque ao cadastrar o Sinal em si, já é um adiantamento. O fato de ter um Sinal já caracteriza o adiantamento, e o sistema mesmo vai fazer o controle de "abatimento" nas medições. Assim não tem como ter um abatimento efetivamente nas Liberações. Se baixar como Adiantamento entende-se que houve um adiantamento do adiantamento, sendo que teria que ter uma baixa de abatimento e ao informar esse valor na liberação vai abater duas vezes, pois o sinal será descontado da medição automaticamente, mais o abatimento que seria feito.

Portanto, vamos repetir para enfatizar, o título de Sinal deve ser baixado como Pagamento.

ADIANTAMENTO VINCULADO

Já no adiantamento vinculado temos um processo de gerar um novo título no Financeiro e baixar ele como adiantamento vinculado ao contrato (passo a passo pode ser visto no artigo Como posso controlar um pagamento antecipado para um Fornecedor em um Contrato?).

Dessa forma, ao cadastrar a liberação o sistema valida o saldo do Contrato e o saldo de Adiantamento vinculado e, se necessário, obriga o abatimento (passo a passo pode ser visto no artigo Como cadastro uma Nota de Contrato que foi paga antecipadamente, evitando pagamento em duplicidade?).

QUAL DOS DOIS DEVO ESCOLHER?

Vai depender muito dos processos da empresa e da expectativa de controle.

Sinal será descontado proporcionalmente de cada medição do contrato. Cada medição terá a incidência do Sinal, podendo ser ajustado, se necessário, aumentando ou diminuindo o valor, desde que respeite o saldo do contrato (em relação ao saldo do sinal). Outro ponto é que só é possível informar um Sinal por obra do contrato. Esse é um controle mais específico.

Adiantamento vinculado permite um controle do momento do abatimento, ou seja, posso escolher quando e quanto vou aplicar em cada medição/liberação, podendo fazer tudo no início ou no fim, ou ir abatendo um pouco de cada medição/liberação. Além disso, posso ter quantos títulos ou baixas de adiantamento vinculado quanto meu valor de contrato permitir. Enquanto tem previsão em aberto e saldo de contrato posso cadastrar adiantamentos. Esse é um controle mais flexível.

Dessa forma, somente analisando a expectativa de controle e processo desejados é possível definir se será utilizada a opção de Sinal ou de Adiantamento vinculado.