Para entendermos o porquê dessa diferença, o primeiro passo é entender o que cada relatório desses apresenta e considera:

Posição de Estoque Atual: Este relatório apresenta de forma simples a quantidade em estoque dos insumos com seu custo médio, custo total, estoque mínimo e quantidade reservada do insumo. Nessa análise é interessante gerar o relatório mostrando o estoque por Insumo, detalhe e marca. Além disso essa apresentação é por Obra, ou seja, caso sua obra tenha mais de um centro de custo cadastrado o sistema apresenta as quantidades e valores de todos eles.

O relatório Posição de Estoque Atual faz o cálculo multiplicando a quantidade em estoque pelo custo médio atual dele.

Relatório Extrato de Estoque: Este relatório apresenta as movimentações de seu estoque no período indicado no filtro, com o saldo inicial de cada insumo (no período anterior ao filtrado), quantidades e valores movimentados e saldo final. Também é possível visualizar o relatório com informações mais detalhadas marcando a opção Impressão Detalhada na página de parâmetros para a visualização do relatório. Esse relatório é gerado por centro de custo.

O relatório Extrato de estoque faz o cálculo tanto do quantitativo de entradas e saídas quando do valor total. Se você tirar ele no formato detalhado verá que ele, a cada entrada e saída, calcula os dois fatores. Caso tenha alguma saída com valor menor ou maior que as entradas ou tenham sido realizados movimentos retroativos ou, até mesmo, houveram exclusões de registros, isso afeta o valor final apresentado no relatório. Por exemplo, o sistema não permite que a quantidade em estoque fique negativa, mas como o relatório apresenta os lançamentos por ordem da data do movimento e não do cadastramento ele vai fazendo o cálculo movimento por movimento, e em alguma linha a quantidade pode ser apresentada negativa, pois teve saída com data anterior à entrada.