Caso a baixa com cheque não tenha sido usado o Controle de Cheques Recebidos, basta ir em Financeiro > Caixa e Bancos > Cheques > Estorno de Cheques > Exclusão, e excluir o estorno da baixa, e depois ir em Financeiro > Contas a Receber > Baixa > Alteração/Exclusão e excluir a baixa do cheque.

Caso tenha sido usado o Controle de Cheques Recebidos, o processo de excluir o Estorno de Cheque é o mesmo que o explicado acima, porém só é possível excluir um estorno se o Cheque estiver com situação Devolvido na rotina Financeiro > Contas a Receber > Controle de Cheques 

Recebidos > Operação com Cheques, conforme print abaixo. 

Se a Situação Atual estiver como "Resgatado" vai precisar primeiro ir na Rotina de Operação com Cheques, consultar o título, clicar no ícone de lápis para editar a Operação com Cheque, clicar no ícone de lixeiro ao lado da Operação Resgatado e salvar.

Depois de fazer esse processo, basta ir novamente em Financeiro > Caixa e Bancos > Cheques > Estorno de Cheques > Exclusão, e excluir o estorno, conforme primeira orientação do artigo.

Após ter excluído o estorno, a baixa já estará pronta para exclusão. Caso não saiba como excluir uma baixa, basta acessar o artigo: Como excluo uma baixa de recebimento?